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太平天国运动之后，湘军和淮军的主要官员被提升至重要官位。在以前清政府的主要官员位置是有满人占据，特别是地方督抚的位置，而现在却多数落入汉人之手。即便是在朝廷最核心的机构军机处，汉人人数也变得越来越多，甚至到最后超越了满人。在清朝晚期，政府的权力逐渐由满人控制，走向汉人控制。

在清朝早期和中期，清政府高度集权，是能够对地方各省起到有效控制，各省政策必须听朝廷决定。到太平天国运动之后，这种状况发生了巨大变化。中央政府必须与外省大员磋商国是，来倾听他们的意见。而且在北京有专门的衙门也在时常征求地方各大员的意见，以便了解他们的观点和立场，争取他们的支持。随着地方各督抚势力越来越大，往往在很多时候摆脱中央政府的控制各行其是。

最典型的就是在1900年，清政府向11国宣战，八国联军展开侵华战争。然而在当时邮政大臣盛宣怀的策动之下，两江总督刘坤一、两广总督李鸿章和湖广总督张之洞等人与各参战国达成了《东南互保约款》。约款规定，在上海租界为各国共同保护，而长江及苏杭内地均有东南各省督抚予以保护，即东南互保。这就是清末地方官吏公然对抗与清政府朝廷的典型表现。

随着武昌起义的爆发，辛亥革命大有燎原之势。而南方各省督抚见革命形势高涨，纷纷以各种形式宣布独立，甚至包括北方的部分省份。清政府此时所控制的地方越来越少，其统治顷刻间土崩瓦解。最后在袁世凯的逼迫之下，于1912年清帝宣布退位，至此清朝正式灭亡。

参考资料：徐中约《中国近代史》、李鹏军《东南互保新探》