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商君书被称为天下第一禁书，主要原因是他制定了很多非常严厉的法律，其中有很多违背了儒家道德标准，所以它一直是儒家批判的对象。

商君书作为法家思想的代表作，自然秉承了“人性本恶”的观点，并且主张用严厉的法律来约束人们的行为，而儒家则持“人性本善”的观点，并且主张用道德来感化人们。可见他们是完全相反的两种观点，儒家指责法家太狠毒，法家则指责儒家腐朽。但是哲学并没有对错之分，它们只是适用于不同的领域。

秦国依靠商鞅变法获得巨大成功是客观事实，这也说明法家思想在当时是有用的。因为当时是战乱时代，商君书的核心就是耕战，即禁止其它事务，集中力量让所有人都参与耕战这一件事情。这是一种典型的战时经济政策，它的目的是把国家和人民变成一部战争机器，秦国也的确成功赢得了统一战争。

秦国二世而亡也是客观事实，这也说明了法家可以争天下，但并不适合治天下。汉朝建立后对秦法进行了修正，并且广施仁政，这才使汉朝变得非常强大和稳定。

历史不会重演但轮回，此后的王朝的兴衰也是围绕着法家和儒家的不断交替使用，所以很多学者都认为中原王朝实际上是儒法双修，两家并用的实用主义。即盛世施仁政,乱世用重典。