续上文，茅元仪以自己的军事知识积淀让孙承宗很青睐。他不但语言上器重，在行动上更是如此，孙承宗举荐茅元仪前往南京兵部报到，委以“副将”并“练募新兵”。

天启二年（1622年）八月，孙承宗任兵部尚书、东阁大学士，自告奋勇地督师经略辽东军务。天启皇帝同意后，招募贤才就是重要事务。因此，孙承宗写信催促茅元仪北上。

但不想当年冬，其母丧的消息传来，茅元仪在金陵穿孝的同时想回湖州。这时，孙承宗的征召北上从军信息到了，为了尽孝茅元仪并没有赴任。为此，他带着深深的遗憾——未得酬君先负母，何心报国复封侯。

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茅元仪的第一次从军

茅元仪在丁母忧中耐不住孙承宗的一再催促北上抗金，从1624年到1630年的六年间，他两次跟随孙承宗督师辽东。

面对国家战事，茅元仪未来得及回家守孝便北上报到。来到京师后，茅元仪向李之藻、耶稣会士等人学习西洋大炮的使用之法。同时，参加各种祭奠辽东战事牺牲的将士们的活动。1623年五月，茅元仪前往山海关。九月，进入孙承宗幕府。

在第一次孙承宗督师期间，茅元仪既做参谋，又扮细作。茅元仪从书生迅速转变为一名将军，在大军内、幕府中，他主要做八件工作：

其一：作为军事参谋深入阵前、敌后刺探军情。他也曾有“行敌境七昼夜而返”的传奇经历。

其二：日夜操练临战技能，也算是衣霜雪、冠风霾，肆习车营。

其三：与鹿善继、袁崇焕等人共同辅佐孙承宗出谋划策。

其四：教授军人西洋炮法，例如满桂的西洋炮法就是茅元仪所授。

其五：以“政治委员”的职责，对军人进行思想教育，例如收复失地、好男儿就要轰轰烈烈地大干一场等观点。

其六：天启四年（1624年）春，奉孙承宗命到泰州招募水师、建造收集楼船、征召购买各种武器装备。其间，回了一趟家拜祭母亲。以此为基础，建立水师。

其七：设计、制造各类战车和仿造西洋大炮等。

其八：作为孙承宗的私人秘书，陪同他视察防区各个防区，孙承宗每到一地都喜欢作诗言志，茅元仪也是相和而为。

因为军事表现优越，茅元仪先是被孙承宗举荐为翰林院待诏。其后督买沙船、楼船得利，被委以副将之职守卫觉华岛。天启五年（1625年）五月，茅元仪被任命为“副总兵”。

茅元仪侥幸离开，才未在觉华岛一战中牺牲

但因为“阉党”掣肘，孙承宗的第一次督师辽东，虽然收复九城四十五堡，拓地四百里，开屯五千顷，岁入十五万的成绩。但在“阉党”掣肘最终仍然下，不得不于天启五年十月份去职归家了。

随着，孙承宗被排挤出局，茅元仪又觉得新任主帅不值得辅佐，便很快辞职离去。巧合的是，茅元仪就此躲过一难。天启六年（1626年）春，“觉华岛之战”是后金军队在不能取胜的情况下，以突然袭击方式大败明军。

觉华岛之战，是在努尔哈赤无法取得宁远之战胜利的情况下，进行的一场突袭战。高第代替孙承宗后立刻实行“退守”战略，努尔哈赤率兵六万多人进攻“拒绝后撤”的袁崇焕。

正月二十三日，袁崇焕利用西洋大炮严防死守宁远城。努尔哈赤在宁远之战中也受了伤，但伤势并不严重，之后继续指挥了觉华岛奇袭，挽回了一些颜面。

觉华岛之战明军惨败，七八千将士、七八千商民连同粮草八万二千余、两千多艘船只和所有建筑物都被后金军队消灭。对于茅元仪个人来说，其辛苦搭建起来的觉华岛水师也消失了。正当朝廷对袁崇焕取胜而兴高采烈、故意弱化觉华岛之败的时候，已经辞职的茅元仪被关入监狱。

可以说，明朝的失败根本就在于崇祯的五个字评价——官场如商场。人人都在为自己的利益服务而斗争。由此，“党争”非常严重。其中，东林党和阉党之间的斗争最为明显、壮烈。

孙承宗作为东林党的骨干，受到“阉党”嫉恨。虽然第一次督师辽东效果卓著，但是仍然最终被迫离职。作为孙承宗的手下亲信，特别是《武备志》为其带来的声誉，让茅元仪受到“阉党”的特殊照顾。伯乐已去，茅元仪便辞职南下。即使辞职了，仍然受“阉党”打击而入狱。

茅元仪辞职前后，已被魏忠贤的“义子”、杀害杨涟的凶手之一、太仆寺少卿梁梦环盯上了，被“削籍”“仵（魏）珰（即魏忠贤）”等原因入狱。好在有惊无险，茅元仪很快被释放出来，在八月初来到南京，过完中秋节回到老家湖州休养。