经过数年的改革、充实，到清入关前，在中央已形成了三院、大部、两院一套完整的官制，合称三院八衙门。清入关后，依据明制，对原有机构及制度再予调整、充实，包括官名也予改变，以适应统治全国的政治需要。

顺治元年定内外文武官制，先后更定部、院首脑名称。凡崇德年间所定称“承政”改为尚书，改原左右参政为左、右侍郎，改理事官为郎中，副理事官为员外郎，额者库改为主事。初设满汉启心郎，至顺治十五年裁撤。都察院承政亦改称左都御史，同时，将明原为独立监察机构的六科给事中及十三道监察御史都并入都察院，为其下属，从而结束了唐宋以来监察机关台、谏并列以至纷争的局面。

自隋唐至明，在中央机构有大小九卿之称。所谓大九卿，即合六部与都察院、通政司、大理寺之合称；以詹事府、鸿胪寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、顺天府、国子监、翰林院、尚宝司等合称小九卿。清除原有机构继续保留，而未设的亦照明制而设，也成大小九卿之数，直到清亡基本未变。

明代还专设宗人府，专管皇族之私事，地位甚崇。清除照设该机构，与明不同之处，设官掌其事，其首脑称宗令，由最受尊重的亲王担任，其下设左右宗正、左右宗人，亦由亲王、诸王贝勒或贝子等贵族专任。除宗人府，清另创设内务府，全称为“总管内务府衙门”，其长官称总管内务府大臣，或简称“总管大臣”。其职责专管皇帝及其一家的日常生活。

其创立时间，约在入关前，但具体日期已不可考。它由包衣制演化而成。所谓包衣，专管家务，供差役，以及随待等。皇帝也有包衣，即为皇帝的奴仆。内务府之设，就是执包衣的职责。相当于明以前宫廷的宦官。这一机构为清所独创，其重要意义在于，它取代了历代太监的作用，防止历代太监造成的祸乱。

但顺治十年六月，世祖又开始起用太监，又有内十三衙门之设，简称十三衙门，又称十三道。其结果又造成待宦极盛，内外交结之事屡有发生。至治十八年二月，康熙即位后，宣布废除十三衡门，“内官俱永不用”。

清军进关后，迅速而全面地恢复了明朝的中央统治机构，使国家政权继续沿着封建专制政体运行。不仅如此，它还对明的统治机构进行调整，有继承，有增减，也有发展，创建了带有本民族特点的新机构，从而更符合它以一个少数民族统治人数众多的汉民族的需要。所谓“国家混一华夏，满汉并重”，惟有“京朝武臣，置有满洲专缺，其文职衙门堂官，皆满汉并用”。

例如，内阁4相，必2名满洲人，2汉人；六部12尚书，其中满洲6人，汉官6人，即一职2人，实行满汉复职制；而宗人府所属，全用皇族宗室，只用汉府丞1人、汉主事1人，作为辅助，掌校汉文册籍而已。再如内务府、理藩院，都不用汉人，太医院则全用汉人。至于外省官员，不分满汉，“惟择贤而任”。在中央实行满汉并用，实际汉官处满官之下，突出了满官的地位，表明清朝统治者防范汉人，把国家大权牢牢控制在满洲人之手，以保持满族贵族集团对汉人的稳固统治。

清入关前后，中央政权的权力重新进行分配。入关前，满族亲王、贝勒大臣分享军政大权，如六部的首脑皆由皇室诸亲王大臣担任，至崇德八年十二月，由摄政王多尔衮、济尔哈朗议决，诸王、贝勒、贝子等“俱罢管部务，悉委之尚书，自此将诸王排斥在国家政务之外，开始确立由摄政王后由皇帝以内阁为参谋，直接控制六部的政治体制。同时，还有“诸王大臣议政处”组织，其本意也是为保持满族贵族在中央政权中的支配地位而设的。

但进关后，由于实行明朝的政治体制，显然这一组织形式不利于贯彻“满汉并重”的组织原则，但又不便马上撤销，终顺治之世，还予以保留，但已逐渐失去其原有作用，康熙以后，进一步被削弱，以致形同虚设。诸王大臣议政之制，也为清所独有，反映了原始的军事民主制的残余渐成历史的陈迹。

清地方官制，大体亦沿明制，因地制宜，稍加变通。其规制是：督抚——府厅——州县。督抚即总督、巡抚的简称。明时，原系临时差遣，事毕即裁撤，属临时派出的一个虚衔。而清则把它固定下来，变为一省区或两三省区的最高行政长官，掌管军民诸政。督、抚是地方最高一级的长官。

府是介于省与州、县之间的一级权力机构，沿袭明制，府的长官称知府，京师所在的首府称府尹，以下有同知、同判、推官等。凡一府之政，皆受该省区的督抚节制，一切须遵督抚的批准而后行。

州县为地方的基层机构，亦同于明，与历代无别。县设知县一人，州设知州一人。其下分设县丞、典吏、州同、州判等职。州县为清统治全国的基层机构，其稳固与否，直接关系到国家的长治久安。清朝始终关注州县一级政权的建设，不断整饬吏治，亦重在州县。

清进关后，全力进行统一战争，因而不能在全国范围内同时建立地方政权，但它得一处地方即建一处，每夺取一个地区，便迅即派官管理地方，常常是还没有占领某省某地，就已任命官员等待接收。所以，当它一完成全国统一，地方已完成了官制的建设，在中央政权的统一号令下，迅速地运起来。

顺治时期，可以说，是在战争中度过的。一方面，清朝向李自成、张献忠领导的农民军及南明残余势力展开大规模斗争，另一方面，在战争的废墟上重建封建统治。它所建的从中央到地方的政治机构，不仅确立了清朝对全国的统治，而且也意味着清朝全面恢复了封建专制政体。这一政体既是对明制的延续，也是两千年来封建专制的延续。

从当时世界大势来看，清朝重建一代封建王朝，不能认为是先进或进步；但从中国国情而言，清朝很快结束全国的分裂局面，一统天下，未必不是一件好事。学术界有一种看法，认为清朝建立一代封建王朝，延缓了中国资本主义的发展。显然，这是不恰当的，因为这一看法脱离了17世纪中国的国情，苛求清朝，也欠公允。清朝只能继承明朝的政体，除此，别无选择。这就是当时的中国历史发展的必然之势。从这个意义上说，清朝入关后所做的一切是顺应了中国历史发展的特殊规律的。