就在这一次和噶尔丹的作战中，康熙帝突患疟疾，不得不离开前线返回京师养病，当时皇太子闻讯后驰驿前迎。但时年十六岁的皇太子少年无知、不懂得如何关怀患病的皇父，因此见到康熙帝时没有表现出忧虑戚戚之情。

重病中的康熙帝见到皇太子的这个态度后，很是悲伤和不满，心中认为这个儿子“绝无忠爱君父之念心”，于是没有让他随驾，而是让皇太子先回京师，准备皇帝回銮事宜。大约从这个时候开始，康熙帝潜意识里就对皇太子开始怀有成见，并先入为主地觉得皇太子不孝，以后不堪重用。

在皇太子莫名其妙地不再得到康熙帝圣眷关爱之后，索额图因为已经将赫舍里氏一族的安危和存亡都押在了皇太子身上，因此不能和皇太子做出分割的举动，反而更加坚定的支持、站队皇太子，以图日后皇太子继位后，能够凭借“从龙、拥戴”之功，重新恢复赫舍里家族的荣耀。

疏远了明珠之后，康熙帝也重点开始关注原先的股肱之臣索额图，预备采取措施，抑制他以及皇太子外家赫舍里氏的势力。起初，康熙帝并没有想将索额图彻底打倒，而是想仿照处置明珠的例子，只免除他实际上的权力，此后做个顾问咨询近臣，以保全仁孝皇后母家富贵，也就罢了。

但索额图执掌中枢大权二十年，早就不能再回到之前那种平淡安静的生活了，再加上他把家族荣耀、个人前途都押在了皇太子身上，这就更加不能退缩了。所以，即使康熙帝想要顾全君臣恩义、让索额图“半退休”以保全其名节。索额图也不愿就此放弃权力、退居归家。矛盾因此不可调和，最终导致索额图站队失败、身死家破。

康熙三十五年（1696年）三月，康熙帝第二次亲征噶尔丹，亲率八旗从独石口出塞，和噶尔丹会战于昭莫多。此战，索额图在名义上率领前锋营、蒙古察哈尔诸旗及汉军八旗、绿营为先锋，并监督火器营，随康熙帝出战。但在实际上，康熙帝已命诸成年皇子：胤禔、胤祉、胤禛、胤祺、胤祐、胤祀等人各自掌握军队、分索额图之权，共同参与作战。索额图的权力，已经在康熙帝的安排下，被剥夺大部、所剩无几。

康熙三十六年（1697年）三月，康熙帝抵达宁夏，指挥追剿噶尔丹的战事，索额图受命管理京师至宁夏的水路、驿站事务，康熙帝以索额图此次差事有功，提升其四级品级，恢复原任。这是索额图最后一次受到嘉奖。

从康熙二十九年（1690年）皇太子迎驾时举止不合礼法、致使康熙帝心中不满，逐渐和皇太子起了隔阂开始，到康熙三十六年（1697年）时，已经过去了七年，皇太子在这期间也已经大婚、生子，逐渐成熟起来。康熙帝虽然对皇太子心中有不满、失望，但为了不动摇国本、维护宗法传承，还是依旧栽培、重用皇太子，多次命皇太子代替自己祭祀社稷、宗庙，在自己出征时监国。康熙帝实在是不想看到，自己寄予厚望、倍加培养的皇太子，最终会不成才、辜负了期望。

可皇太子年少、心性不定，身为国家储君、自然具有天然的优越感，待人接物不那么平易近人、和蔼恭谨。而索额图身为皇太子的叔外祖父、又早早地将宝押在了皇太子身上，为了自身的利益，他也在不断地接近、教导皇太子，要尽可能地掌握权力、培植私人势力，做好继位前的准备，切切不要掉以轻心、重蹈前人覆辙、使得大位旁落、便宜了他人（指肃亲王豪格的旧事）。

平心而论，索额图这么指导皇太子，确实是未雨绸缪、一片好心，提醒皇太子不要松懈，需时时刻刻警惕，以防被其他人（就是其他皇子）趁虚而入。皇太子也很感激叔姥爷的提醒、教诲。

但索额图这么做被康熙帝得知后，康熙帝勃然大怒，认为索额图居心不良、“毫无忠君之心”、有“教唆皇太子、离间父子之情”的险恶用心。这之后，康熙帝下定决心，要斥退索额图，并以此警告皇太子，不要再执迷不悟、受人教唆、和皇父分庭抗礼。

康熙三十六年（1697年） 九月，康熙帝针对“太子党”痛下狠手，命内务府处死了皇太子的亲随——膳房人花喇、哈哈珠子（侍从）德住、茶房管事雅头，膳房管事额楚等人，给了皇太子和“太子党”的首脑索额图一个警告。

康熙三十七年（1698年）三月，为了进一步限制皇太子的权力、遏制“太子党”的争权野心，康熙帝第一次册封成年皇子，其中皇长子胤禔封直郡王，皇三子胤祉封诚郡王，皇四子胤禛、皇五子胤祺、皇七子胤祐、皇八子胤禩封贝勒，以此来牵制势力和欲望都在不断膨胀的皇太子及其党羽。

此次受封的皇子，都获得了参与国政、协同办差的权力，同时各领有旗下佐领、门人属众。康熙帝这么做，削弱了皇太子原先所具有的“代理监国”的合法权力，对太子党是一次大打击。

康熙帝的本意，是分权给诸皇子、以限制、警告皇太子，不要太过于表露出觊觎权势的心思。但诸年长皇子得到了封爵、权力、属众以后，却效仿皇太子，建立了属于自己的势力范围和党羽，这就更加加剧了皇帝与皇太子之间、皇太子与诸兄弟之间的矛盾。

诸皇子和门下的党羽为了获取更大利益，不约而同地选定了共同打击目标，即皇太子及“太子党”。康熙帝与皇太子之间的矛盾更加错综复杂，且日益加剧，皇太子不孝不悌、所行不善、昏颟妄为的议论，从此传遍了朝野。而皇太子一党为了自保，当然也要反击，因此和诸皇子党相互攻讦、彼此构陷，弄得朝廷之上乌烟瘴气、党争不断。

面对这种局面，康熙帝怒气迸发，认为这都是以索额图为首的“太子党”在挑唆皇太子，才导致父子失和、兄弟反目。于是，康熙三十八年（1699年），康熙帝下诏斥责“太子党”中的首要成员：“温待、额库礼，俱犯重罪流徙之人，因其年老，令回京师。伊等应安静以养余年，伊乃与索额图结党，妄论国事，妄自犯尤。”直接就点了索额图的名字。

另外，康熙帝对皇太子也不客气，同时写手谕给皇太子说：“朕出师宁夏后，皇太子听信匪人之言，素行遂变，自此朕心眷爱稍衰，置数人于法。”

在父子君臣兄弟发生的矛盾中，康熙帝明显针对皇太子及“太子党”，并毫不掩饰他对皇太子的疏远和猜忌。这让其他皇子看到了希望，觉得康熙帝在失望之下，有可能“易储”，因此更加蠢蠢欲动，对“储君之位”生出非分之想，这也是康熙帝末年“九子夺嫡”的重要起因。

看着原先寄予厚望的皇太子变成如今这“娇纵跋扈、不孝不悌、所行不善”的颓废样子，康熙帝既痛心又震怒，认为这都是皇太子身边亲近侍从之人所教唆、挑拨的缘故，其中尤以皇太子的叔外祖父索额图为甚。从这个时候起，康熙帝就有了清除索额图（之前还仅仅是斥退）、重新教导皇太子，将这个不成器的儿子从歪路上拉回来的心思。

康熙帝已经动了清除索额图之心，而作为康熙帝数十年心腹重臣的索额图，自然也闻到了危险气息，为了不让康熙帝抓住把柄、逃脱惩处，索额图在和皇太子商量之后，以退为进，于康熙四十年（1701年）九月，以“年老多病”的理由（索额图当年已经六十六岁）向康熙帝请求致仕，企图以此脱离康熙帝的特别关注，从而在幕后继续协助皇太子、稳定“太子党”的人心。

康熙帝对此心知肚明，但为了不立即激发矛盾、使自己留下“不容功臣”的坏名声，于是顺水推舟、同意了索额图的致仕请求，免去他领侍卫内大臣之职，以一等公爵的身份退职回家荣养。

索额图和皇太子据此以为康熙帝已经不再追究索额图的过失，同时也得以继续维护“太子党”的利益和权势了，于是在之后相互往来照旧频繁、勾连紧密，也没有停止和诸皇子党的“夺嫡、争权”斗争。而面对康熙帝之时，皇太子也自认为“三十年储君、根深蒂固”，缺少对皇权的敬畏和拜伏之心，“欲分威柄，以恣行事”的态度怎么也掩饰不住。

康熙帝既然已经下了除掉索额图之心，自然不会手软，这样也可以打击迫切想要获得更大权力、甚至希望早日君临天下的皇太子那颗不安分的心。

康熙四十一年（1702年）十一月，康熙帝南巡江南，皇太子以及诸王公大臣随驾同行。御驾至山东德州时，皇太子恰好得了疾病、一时不能痊愈，康熙帝于是急召已经致仕、此次没有随驾南巡、而是留在京师私宅中的索额图急赴德州，陪伴、照顾侄外孙皇太子，待皇太子痊愈后，再行返京。康熙帝自己则中断南巡，先行返回，待明年再安排南巡。

其实，这是康熙帝故意制造索额图和皇太子长期单独相处的机会，以便于安排人手暗中监视，获取索额图不轨之事、及蛊惑皇太子的罪证，好论罪加以惩处。

索额图当然不知道康熙帝此举的真实用意，自认为这是一个和皇太子公开相处、并可以借机策划、谋算后续的争权之事，于是立即兴冲冲地奉诏赶到德州，亲自照看生病的皇太子。

也许是太过于兴奋，也许是疏忽大意，索额图在抵达德州皇太子住处时，没有按照礼制在大门外远处下马、然后步行从侧门进入，而是直接骑马来到中门后才下马，随后从中门进入皇太子居所。这在清朝的礼制中，属于大不敬之罪，按律要处以死罪（当然，索额图之前估计也没少这么做，不过因为他是康熙帝心腹重臣、皇太子的首席支持者，所以都没有受到惩罚。不过，这一次不一样了）。

在德州时，索额图和皇太子朝夕相处，多有密谈，其中不乏“用非常手段”、“行大事”、“先发之”等悖逆、狂獗之语（都是康熙帝暗布的眼线事后所汇报，至于言语的真假，康熙帝说是真，那就是真的）。

对索额图在德州奉诏看顾皇太子时的所作所为，康熙帝一清二楚，但他没有立即动手，而是静观其变，在皇太子痊愈后，命他和索额图一起返回了京师。康熙四十二年（1703年）正月，康熙帝按照计划，继续举行南巡，皇太子胤礽、皇四子胤禛、皇十三子胤祥一起随驾南行。而索额图在完成了照顾皇太子的任务后，依旧被留在京师，没有允许随驾南下。

南巡途中，康熙帝在隔开了皇太子和索额图之后，已经在考虑如何进行最后一击，彻底将索额图打倒。

当时，随侍在康熙帝之侧的翰林院掌院学士、原索额图的门生高士奇，因为出身寒微而被索额图长期慢待、甚至羞辱（切齿大骂，辱及父母妻子），早就对这个老师恨之入骨、几欲除之后快（遂顿忘旧恩，而思剚刃于其腹中）。

得知康熙帝想要除掉索额图的心思后，高士奇大喜过望，于是主动向康熙帝告发索额图平日里的诸不法悖逆之事（高士奇是索额图的门生、时刻侍奉在侧，自然知道索额图的那些所作所为），和老师划清界限的同时，也把最锋利的刀把子递到了康熙帝的手中。

人证物证俱在的前提下，康熙帝依旧稳坐泰山，按照原计划继续南巡，不要说在京师的索额图并不知道自己已经大难临头，就是随驾在身边的皇太子，也不知道皇父即将要对叔外公动手。康熙帝在江南、河南、山东等地巡查游览，直到当年三月十五才返回京师。

两个月后，一切准备停当，康熙四十二年（1703年）五月十九，康熙帝突然命御前侍卫海青、乾清门侍卫武格、马武三人急赴索额图私邸，传达谕旨给这个曾经的心腹重臣、如今的“心腹大患”：“尔任大学士时，因贪恶革退，后朕复起用，尔并不思念朕恩。即若养犬，尚知主恩，若尔者，极力加恩亦属无益。朕意欲宽尔，尔乃怙过不悛，结党妄行，议论国事，朕若不先发，尔必发之，朕亦熟恩之矣。前者，皇太子在德州时，尔乘马至中门始下，即此尔已应死。尔所行事，任举一端，无不当诛。朕念尔原系大臣，心有不忍，姑贷尔死，但若著尔闲住，又恐结党生事，背后怨尤议论，著交宗人府处拘禁，不可疏放。”

在谕旨中，康熙帝将索额图大骂一通，并说“朕若不先发，尔必发之”，就是指明了索额图将要谋反。但此时康熙帝还没拿定主意处置皇太子，为了大家的颜面上好看，所以除了索额图在德州时，“至皇太子居所、乘马至中门始下”这一条罪名外，其他的事情就不再提了。

就在当天，六十九岁的索额图被押送至宗人府监房，单独禁锢、严加看管；至于他的几个儿子，康熙帝命仁孝皇后的五弟心裕、六弟法保（也是索额图的弟弟）“严加拘禁候旨”，并补充说“若其间别生事端，即将心裕、发保等族诛”。也就是不准心裕、法保徇私照顾，如有犯事，要把赫舍里氏全族诛灭。

索额图彻底倒台后，康熙帝对这个毁了自己心爱的接班人的逆臣深恶痛绝，很想把他明正典刑、甚至处以凌迟；但索额图是仁孝皇后亲弟弟、也是皇太子的至亲，这样不顾皇家颜面、显戮国家重臣的做法，虽然很解气，但格局、心态上未免太小气了。

于是，康熙帝决定用另外的办法，让索额图不经法司审讯，悄无声息的死在狱中，这样对朝廷、对皇家、对百官、对天下臣民的也有话说，自己不会落下一个“刻薄寡恩、屠戮功臣”的名声。

康熙四十二年（1703年）七月初六，康熙帝离开京师，北巡塞外，七月十八，奉皇父谕旨的皇三子诚郡王胤祉、皇四子贝勒胤禛火速返回京师，连夜进入宗人府中关押索额图的监房，表面上的说法是“视索额图拘禁之情形，查察看守王公、大臣、兵役、內监有无徇情庇护及助伊逃遁之事”，其实，胤祉、胤禛此行另有目的。

在看到索额图被单独关押、并无优待，且两条铁链锁身之时，胤祉、胤禛并没有赞扬宗人府有司人员尽职尽责，而是厉声责问：“为何不给罪官加锁九条铁链？”宗人府官员莫名其妙、面面相觑之下，小心回奏说，索额图五月十九押来时，就已经身戴一条铁链，是宗人府看守在将其押入监房后，又多加了一条脚链。

于是，胤祉、胤禛当即给康熙帝回奏，并请康熙帝下谕旨给宗人府，再给索额图加七道铁链，以“防其勾连内外、蓄意遁走”。接到奏报后的康熙帝立即同意了胤祉、胤禛的意见，复旨给宗人府，将索额图上了九条铁链。

按照《大清律例》的规定，只有故意杀人、十恶不赦的罪犯，才在脖子、腰、脚三处用三条铁链锁住，从来没有用九条铁链的先例。清制，监狱铁链重五斤，九条就是四十五斤，不要说索额图，就是任何一个壮汉，那也受不了。索额图此时年近七旬、早就衰弱不堪，怎么经受得起这样的折磨。

所以，如同本文最开始描述的那样，在身被九条铁链之下，索额图在宗人府监房内只呆了不到两个月，就于康熙四十二年（1703年）九月、“寻幽死于狱中”。虽然没直接说是饿死的，但身上背着四五十斤的铁链，行动、饮食都十分艰难，也无法正常活动，索额图的死，大概率还是不能正常吃喝拉撒、最终病饿致死（就和鳌拜被关押后，很快死在狱中的情况一样）。

索额图在宗人府“幽死”之后，康熙帝下旨剥夺了他一切官爵、名誉，将他的儿子格尔芬、阿尔吉善继续禁锢于心裕、法保处，不得开释。“太子党”中的重要成员、也是索额图党羽的江潢、麻尔图、额库礼、温代、邵甘、佟宝、阿米达等人，或处死、或严锢、或罢黜，他们的同祖子孙在朝廷为官者，也被夺官革职。一度风光无限的“索党”、“太子党”，就此灰飞烟灭。

五年以后，康熙四十七年（1708年）九月，康熙帝对皇太子胤礽失去了最后的期望和耐心，于是召集诸王大臣，公开废黜了胤礽的皇太子之位。同时，康熙帝对导致自己父子失和、且早就死去的“罪魁祸首”索额图依旧怒气不减，在废黜胤礽的同时，又下令立即诛杀索额图的两个儿子格尔芬、阿尔吉善，断了他的后裔血脉。

最后，康熙帝在终结自己因何要废黜皇太子之时，还把所有责任都推到了索额图的头上：“昔年索额图助胤礽潜谋大事，朕知其情，将伊处死。今胤礽欲为索额图复仇，令朕戒慎不宁，不得不行此非常之事。索额图在日，怀私叵测，蛊惑皇太子服御俱用黄色，一切仪制几与朕相似，胤礽骄纵之渐，实由於此。索额图诚本朝第一罪人也！”