纵观整个明代，中央王朝对西南地区的基本政策，是建立卫所与土流合治，而到了明朝末年，随着东北边疆危机的出现，与中原地区的持续动乱，中央王朝对西南边疆地区的统治力明显下降。

辅之以国家长期错误的边疆政策，使本已很紧张的土官，与流官之间的矛盾更加激化，终酿成了以奢安之乱和沙普之乱，为代表的较大规模局部战乱。

以奢安之乱为例，这场动乱始于天启元年，正值辽东战事吃紧，所以明廷调集西南地区的土司兵，赴辽东参战。九月十七日，奉调开拔的永宁土司奢崇明，行至重庆时突然发难，诛巡抚，建国号“大梁”，起兵反明。奢氏军队很快攻陷内江、简州等地，分道向成都进发。

十月十七日，奢军围成都，时任四川左布政使朱燮元受命于危难，石柱宣慰使秦良玉等率部阻击叛军。天启二年正月，成都之围稍稍缓解，贵州宣慰司同知安邦彦却在此时反明，叛乱规模扩大。

次年五月，奢崇明兵退贵州，与水西土司安邦彦的叛军合流，贵州明军主力被歼灭殆尽，巡抚王三善身死。天启四年，明廷议合两督府，朱燮元临危受命，移师遵义府主持这次合议。

但明军腐朽的体制和战斗力，使得在平叛过程中处处被动，随后的两年中，叛军转战云南、贵州，扫荡了明朝在西南地区的统治秩序。至崇祯元年，明廷决意起用朱燮元为兵部尚书，总督西南滇、桂、川、黔、鄂五省军务。

朱燮元采取了一些列的措施，整顿军务，谋划平叛事宜，第二年四月，明军与叛军主力在贵州决战，用计诱使叛军进入明军预先设计好的地段，出其不意地将叛军主力一举击溃，大败叛军，奢崇明、安邦彦死，其麾下主力全军覆没。崇祯三年，奢安之乱基本平定，西南地区暂时恢复了和平。

从这场战乱的起因，可以管窥明末西南地区的边疆统治危机，以及朝廷与地方土司之间不断深化的矛盾。关于此，学界说法不一。一种声音认为，奢安之乱是一场有预谋的叛乱。另一种声音认为，奢安之乱的发生，是一定程度上的偶发事件。

据三峡学院的东人达教授考证，从《明实录》所记时间推算，兵部的调兵令，于八月初五由北京发向成都，再转永宁，永宁则组织上万大军，行军约650华里抵达重庆。重庆兵变发生于九月十七，这一过程共41天，就当时的通讯和交通条件而言，所谓久驻不发，并不成立。

可见，巡抚裁兵触犯了永宁土司的利益，是导致奢崇明兵变的直接原因，奢安之乱的发生的确存在着偶然因素。然而，深究奢安之乱的发生原因，乃至明朝历次土司叛乱的原因，不能不提到明朝政府在西南地区的边疆政策。

奢安之乱爆发的深层原因，是明王朝长期以来对西南土司地区，实行的高压政策，以及华夷之辨观念下对边疆土官的歧视，在这种治理观念的长期发酵下，必然会导致夷汉关系紧张，进而造成地方土司与，中央王朝之间的尖锐对立。

对此，东人达教授认为：永宁土司政权与明王朝的矛盾是必然的，但并非即刻就一定要爆发，就一定要形成武装斗争的形式。而在明廷官员淫威的逼迫下，带有很大偶然性的永宁援辽军兵反重庆后，奢崇明就如箭在弦上，不得不发了。

战乱虽平，但明王朝与西南土司势力之间的根本矛盾并未解决，在西南地区数省还存在着大大小小的土司，这些土司星罗棋布地分布在广大的西南地区，成为明末西南后方持续动乱的导火索，和不安定因素。

土司问题终究成为，困扰明代边疆治理的一大顽疾，而这种极端偏见和过时的边疆政策，则导致了明朝西南边疆统治危机的加剧。从万历年间的播州之乱，到天启年间奢安之乱，从杨应龙到奢崇明、安邦彦，虽然他们有各自称霸的野心。

但究其根本原因，则是长期的夷汉矛盾得不到解决，以及明朝政府长期错误的边疆政策导致的。归根结底，边疆政策的失误，才是明朝后期西南地区，一系列土司暴乱的根本原因。

综合分析明末西南地区的主要矛盾，大致有两个：第一是土司同明朝政府之间的矛盾，第二是各土司之间互相的矛盾。后者常常表现在土司之间的互相征伐，而明朝政府往往扮演居中调解的角色，亦或联合一方攻打另一方，通过以夷制夷，分化瓦解，达到削弱各地土司总体实力的目的。

在明朝历史上，土司之间的战争时有发生，如明末阿迷州土司普氏，与宁州土司禄氏之间的战争就属于第一种。而奢安之乱和沙普之乱，则属于地方土司与明朝政府之间的矛盾，即土司势力企图颠覆明朝在局部的统治权的战争。

明朝末年西南地区的总体状况，是中央政府的控制力不断减弱，伴随而来的是土司叛乱的不断发生，其中反映这一趋势典型的表现，就是奢安之乱的爆发。

而奢安之乱的根本起因，正是明王朝中央政府，在国家形势急剧变化的大背景下，未能及时调整土司政策，以适应新时期的具体情况，其僵化的治边思想和狭隘的华夷观念，更是激化了本就剑拔弩张的矛盾，终酿成了持续十余年的大规模战乱。

经此大乱，西南地区的经济生产遭受了巨大破坏，明朝在西南地区统治的稳定性继续失衡，为后来沙普之乱的爆发埋下伏笔。