晚清时期，文官惩戒权力仍然没有松动的迹象，延续清代前期的特性，文官惩戒权力高度集中。这也是与皇帝个人专制紧密联系起来的，主要表现在两个方面：皇帝绝对控制惩戒立法权和官吏惩戒过程。

与清代前期以及历代帝王一样，晚清时期的皇帝依然拥有官吏惩戒立法权，所谓“法自君出”。文官惩戒律例条文都是由皇帝一人决定，光绪会典不仅辑录了皇帝的谕旨、经钦准的臣工条奏和钦裁的则例，而且，编纂官在编纂过程中对需要废除、新设、修改的内容等都必须上报皇帝“请旨定夺”。

当光绪会典编撰完成之后，还需要上报皇帝，然后由皇帝明令颁行天下。则例的条文内容同样有先前的谕旨、钦准的条奏和成案等编纂或修订之时，除一应遵循的内容仍如起其旧外，对酌定需要增删减归并的例条，则分为“增纂”、“修并”、“续纂”等等名目。

皇帝对官吏惩戒过程的掌控。清朝对文官惩戒有一套完整严密的程序，例如对文官的考核，行政处分等等，这些都需要上报皇帝，根据皇帝的指令进行处理。也就是说，要想惩戒某一个官员，必须上奏皇帝，根据皇帝的指示按步实施，这是文官惩戒制度的内在要求和不二法则。

因此，所有机构，所有有参劾资格的官员，即便作为官吏惩戒的高行政领导机关—吏、刑二部和对官吏惩戒，具有“监督”职能的都察院，即便是贵至一、二品的大学士、军机大臣、尚书、侍郎或总督、巡抚，如果要惩处一位过犯文官，首先就是要上奏皇帝，得到皇帝允许后才可以进行下一步行动。

其后的各环节、各步骤同样必须以皇帝的意志为指导，以皇帝的诏令为准绳。任何官员和机构都不得违背，如果相关官员一旦有违，将会受到严厉的惩罚。

虽然如此，在晚清时期对文官惩戒的过程中，也有个别例外，没有上奏皇帝就进行惩处的案例。例如在同治年间，由于太平天国起义的爆发，对于正压太平天国起义不力的官员、进行就地正法，但应当看到虽然是就地正法，但这些律例条文也是经过皇帝钦准的。这也不过是非常时期所采取的一种权宜之计。

至于现实中个别执法官吏，未经奏准就对官吏实施惩处的问题。第一，此惩处本身是应受到法律制裁的违法行为。第二，这样的情况只是个别案例，不能以偏概全，更不能因此否定清官吏惩戒制度中，皇帝对官吏惩戒的至高无上地位和严格的排他性。