郑成功收复台湾后，在台湾建立了郑氏政权，为中国领土完整做出了巨大贡献，但是也形成了一方诸侯。1662年，郑成功去世，其子郑经自立为东宁国王，宣称“台湾远在海外，非中国版图”，走上了独立的道路。康熙经过10多次和平谈判，都未能和平统一台湾。于是，康熙决定用武力的方式解决台湾问题。

一，福建水师重建，郑氏完全退守大陆

随着“三藩之乱”即将结束，清朝开始对郑氏越来越强硬，逐渐放弃了和平谈判，为武力平台做准备。1677年，清朝恢复了福建水师建制。1679年，康熙任命精通海务、骁勇善战的万正色（郑军投降将领）为福建水师提督，调拨1.4万人编入水师部队，从江浙选取战船百艘，从湖广拨发新式西洋炮20门，加强了水师的力量。

1680年，清军兵分两路对郑氏在大陆的据点发动了进攻。其中，福建水师从海上进攻海坛，迫近厦门；福建陆军则从陆地上对厦门、海澄附近的据点发动进攻。战斗开始后，福建水师很快就攻占了海坛岛，福建陆军则马上在岸上架设大炮，使得郑军舰队无法靠岸，只能退守金门。

厦门和金门的位置

海坛之战后，郑经命令刘国轩放弃海澄岛，退守厦门。不久，谢村、鼓浪屿一带的郑军将领陈昌投降，刘国轩无心恋战，退守厦门。而厦门的郑军也是一片混乱，降的降，逃的逃，刘国轩见状，只能带领几千残余部队逃回台湾。

经过此战，清军完全收复了福建沿岸的岛屿，将郑氏的军队彻底赶出了大陆。

二，施琅的重新起用

1681年，郑经去世，其弟郑聪便趁机纠集同党发动政变，处死了郑克臧，监国夫人陈氏被迫自杀，董太妃在当年去世，史称“东宁之变”，此后大权掌握在外戚冯锡范与刘国轩之手，冯锡范立其婿郑克塽（只有12岁）为王，从此郑氏政权一蹶不振。

消息传到了清朝后，康熙认为统一台湾时机成熟，于是让福建水师做好准备。当时清廷大多数官员认为“海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全”，还是主张采取和平统一的方针。但是康熙坚持采用强硬手段，由于万正色反对武力攻台，康熙改用施琅为福建水师提督。

施琅为福建泉州府晋江人，早年是郑芝龙的部将。郑芝龙降清后，他加入了郑成功队伍。1651年，施琅对郑成功“舍水就陆，以剽掠筹集军饷”的行为不满，被郑成功剥夺了兵权。随后，清军偷袭厦门，施琅奋力抵抗，保住了厦门，但是郑成功却没有给施琅响应的奖赏。此后，施琅杀曾德得罪了郑成功，郑成功诛杀了施琅父亲与兄弟。在这样的情况下，施琅带着仇恨投降清朝。

施琅降清后，担任水师的将领，并在1662年被提拔为福建水师提督。施琅一直强调用武力平定台湾，是朝廷的鹰派代表。1667年，他上奏《尽陈所见疏》，提出了平定台湾的措施。但当时对清朝最大的威胁是“三藩”。当时鳌拜专权，他们只顾争权夺利，无意出兵远征。为了避免施琅等郑军降将拥兵自重，鳌拜下令撤销了福建水师，施琅也就只能留京宿卫了。

施琅被起用后立即赶往福建上任。但是他和福建总督姚启圣在进攻台湾的时间、路线等问题上有冲突。康熙为了尽快解决台湾问题，就授予施琅“专征”权，让施琅全权负责统一台湾的事情，而姚启圣则坐镇福建，负责后勤保障工作。

施琅雕像

施琅研究台湾问题多年，也是曾经是郑军的将领，因而对台湾形势更加了解。为了尽快统一台湾，减少伤亡，

他提出了“因剿寓抚”的战略方针。其具体的作战计划分为三步：一，清军攻占澎湖，让台湾门户洞开，切断台湾的贸易路线，在经济上进行打击；二，占据澎湖后和郑氏进行谈判。

如果郑氏拒绝投降，那就派遣主力舰队进攻台南承天府（台南，郑氏政权的首府），同时派遣快捷舰队封锁打狗港（高雄)、锁蚊港（嘉义）和海翁窟港(大安港)，使其首尾不能相顾。登陆台湾后，进行围困，继续招降郑氏。郑氏如果负隅顽抗，那就在台湾岛进行登陆作战，先歼灭城市之外的郑军，然后将郑军围困在孤城，最终达到彻底消灭郑氏的效果。

三，澎湖海战

施琅取得专征权后，就开始推行自己的作战计划。他加强对福建水师的训练，选拔优秀将领，修建可以承受大风大浪的战船，制造武器。他还不断派遣间谍，利用自己在郑军中的旧关系进行策反和搜集情报的工作，甚至派遣舰队小分队到澎湖侦察郑军部署情况。

自古以来，渡海作战都是一大挑战。台湾海峡宽在130公里到200公里之间，呈现出两头宽，中间窄的情况，常年盛行东北风和西南风，风速很快。冬季时候风力强劲，风急浪高；夏季风力较小，风浪较小。但是夏季又是台风高发的季节，因此渡海作战必须选好时间，不然就无法渡海。

为了避开台风的袭击，施琅选择在夏至前后发动渡海作战，这一段时间的风浪最小。他将水师集中在铜山，然后乘西南季风前进。郑氏将澎湖作为防御的重心，他们很早就修复了荷兰人留下的防御工事，在容易登陆的地点修建了城墙，设立了炮台，驻扎了1.7万的军队。因此，澎湖之战将是一场恶战。

六月十四日清晨，施琅带领舰队和2万清军从铜山港出发，于第二天下午到达了澎湖西南，这里是郑军防御最为薄弱的地方。清军按照既定计划顺利攻占了八罩屿。刘国轩接到情报后，感到非常意外，匆忙制定应对措施。其部下丘辉建议在清军立足未稳的时候发动进攻，刘国轩则认为清军在澎湖没有可以停播的港湾，一旦台风发生，将不战而溃。于是，刘国轩选择坚守不出。

十六日早晨，施琅对郑军发动了进攻，郑军依靠火炮抵御，清军行动不一，将士争功，拥挤冲撞，出现了混乱。施琅见状，立即驱船冲入郑军舰队，试图救出被围困的船只。在战斗中，施琅眼部负伤，被迫撤出战斗。刘国轩见清军撤退，继续坚守不出，等待台风。

初战失利，施琅吸取教训，调整进攻部署。总兵吴英提出了“五梅花阵”，也就是以五船围攻郑军一船，这样既可免除战船互相冲撞之患，又可发挥数量上的优势。施琅当即采用了这个措施。十八日，施琅先派遣船只攻取了虎井、桶盘二屿，扫清了外围。随后，施琅亲自乘坐小船到澎湖各处侦察情及地理形势。

二十二日晨，施琅发动了总攻。清军分为四部分：施琅带领56只大船居中，作为主攻队，从正面进攻郑军主阵地娘妈宫；都督陈蟒等50只船只从右侧进攻鸡笼屿、四角山；总兵董义等率50只船只从左侧进攻牛心湾。其余的80只船作为预备队，随主攻船队跟进。

战斗开始后，清军按照施琅变换“五梅花”阵，郑军很快就落入了下风。随后，清军两侧舰队也到来，对郑军形成了包围之势。刘国轩见舰队已经损失大部分船只，于是带领剩下的31只船逃到了台湾岛。此战。清军击毙郑军将领340人，士兵1.2万人，俘虏将领165人、士兵4800多人，击毁、缴获战船194只。而清军阵亡329人。

四，台湾正式纳入到了中国中央王朝的版图

澎湖海战，清军只用了七天就歼灭了郑军的主力，加速了郑氏政权的灭亡。随后，施琅下令在澎湖休整部队，进一步做好攻台准备，又继续对台湾方面发动招抚政策。

他在澎湖恢复生产，严禁杀戮，宣布免除三年的租税徭役，取得了民心。他又对台湾人民发布《安抚谕诚示》，宣传清朝的政策。

为了减少不必要的战争，施琅放弃和郑氏的仇恨，以国家利益为重。他给郑氏承诺“断不报仇，当日杀吾父者已死，与他人不相干”。康熙也立即对郑氏颁布赦罪书，配合施琅的“因剿寓抚”策略。

面对清朝的招抚政策，郑氏内部发生了分化：黄良骥等提出远征吕宋，图谋东山再起；刘国轩主张向清政府投诚；冯锡范反对降清，坚持死守台湾。最终，刘国轩的主张占了上风。六月初八，郑克塽派人与清军谈判，表示愿意投诚，但是提出留居台湾。施琅断然拒绝，并指出台湾的行政权要完全交出，郑氏要剃发和迁入内地。七月初五，郑氏集团表示完全接受朝廷的条件。

清朝在台湾的区划

1683年八月十三日，施琅从鹿耳门登陆台湾岛。十八日，隆重的受降仪式在台湾举行，施琅宣布清朝全面接管了台湾岛，郑氏政权宣告结束，台湾首次纳入到了中国中央王朝的版图。1684年，清朝在台湾设台湾府，隶属于福建省。台湾纳入清朝版图，使得中国对台湾拥有了主权上的依据，对后世的影响非常深远。