抗战胜利后，中国面临是战是和的抉择。经过长期战争，人民渴望和平，反对打仗。蒋介石两面派手法，一边假和谈，一边准备部队内战。

作为新开辟的中原解放区，处在全国腹地，战略地位非常重要。为此，李先念部，王震350旅南下支队，以及王树声的河南军区部队组建中原军区，并成立中原局，统一领导中原地区斗争。

中原军区下辖2个野战纵队，鄂东军区、河南军区、江汉军区3个军区。作为河南军区副司令员的陈先瑞兼任独3旅旅长。

中原军区部队一边发展，一边防止敌人进犯，和牵制敌人部队北上。

1946年1月国共双方签订停战协定，中原军区部队恪守协定，而国民党军背信弃义，无视停战令，不断向中原部队发起进攻。军区部队坚决自卫反击。国民党军不仅实行包围，而且经济封锁，部队出现粮食危机，只能想方设法自救。

为了适应新的斗争形势，军区部队进行整编，2纵15旅与河南军区独3旅合并，王海山担任旅长，陈先瑞改任政委。这让陈先瑞来说，心里有些想法。

陈先瑞认为自己本来就是做军事工作的，在作战指挥、管理方面有经验。如今改任为政委，心里不免想法多多。

郑位三是中原军区政委，曾经在红军时期跟随红25军行动，他与陈先瑞在陕南共过事，比较了解陈先瑞。对他说：不用我讲更多道理，非常时期就有非常态度！后来，又讲很多大局，尽管心里不是很情愿，依然接受老领导的意见。

司令员李先念对他说：让你改任政委，是局势的需要，我们要加强部队政治领导！

两位军区首长都找他谈话，他只有明确表示自己态度，服从组织安排。

在随后的中原突围战中，他跟王树声司令员突围。经过在鄂西北作战，开辟鄂西北军区。后因形势需要，他被调任西北民主联军38军副军长。

38军作为一支起义部队，与4纵、9纵组建陈谢集团，渡黄河抵达豫西作战。根据中央指示，陈谢大军主力到伏牛山地区作战，另派一部到陕南开辟新区。4纵12旅与38军17师，在刘金轩、陈先瑞的指挥下成立陕南军区。

对于军区军政主官，上级让刘金轩担任司令员，他担任政委。出于爱打仗的心情，他推辞政委一职，改任副司令员。