三月十七，大顺军越过昌平，抵达京师，驻军于西直门外，并以大炮轰击彰义门、西直门，威胁城内。当天，崇祯帝最后一次上朝，坐在宝座上的皇帝已经能够听到城外的隆隆炮声。绝望之下的崇祯帝无计可施，在御案上用茶水写下了“文臣个个可杀”六个字，潸然泪下后无奈退朝。

当夜，京师外城失守，大顺军汹涌进入外城。崇祯帝连夜登皇宫后的煤山（万岁山，今景山），远眺外城的烽火和硝烟、哀叹徘徊，许久后才惆怅下山。

三月十八，崇祯帝让皇太子朱慈烺、皇三子定王朱慈炯、皇四子永王朱慈炤即刻更换衣服，到各自外家躲藏，然后劝皇嫂懿安皇后张氏、皇后周氏、贵妃袁氏自尽，并将两个女儿亲手砍杀（其中长平公主侥幸未死）。

三月十九天明时分，逃走无望的崇祯帝在心腹太监王承恩陪伴下，再一次登上了万岁山，脱下了身上的大袍、以血书写了最后的遗言：“朕登基十七年，虽薄德匪躬，上干天怒，然皆诸臣误朕，致逆贼直逼京师。朕死，无面目见祖宗于地下，自去冠冕，以发覆面，任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人”，然后在万岁山寿皇殿外的歪脖槐树上自缢殉国，时年三十四岁。王承恩随即也自尽追随崇祯帝而去。

当日午时，大顺皇帝李自成在天佑殿大学士牛金星、吏政尚书宋企郊等人的陪同下，从德胜门进入京师，然后经承天门至皇极殿，成为了皇宫紫禁城的新一任主人。

大顺军攻克京师后，李自成下令寻找崇祯帝及其宫眷子女。之后，周皇后、懿安张皇后的尸体被发现，未死的袁贵妃、长平公主也被妥善安置；逃离皇宫之后的皇太子和定、永二王也被图谋富贵的一些人挟持并献给了大顺政权。只有崇祯帝本人，暂时没有被找到。

三月二十一，在全城的搜捕中，终于有人在万岁山上发现了挂在寿皇殿外的歪脖子槐树上、自缢而死的崇祯帝和自尽殉主的王承恩。得知消息后的李自成没有羞辱崇祯帝的遗体，而是下令让有司将崇祯帝和周皇后的遗体用两口柳木棺材装殓好，停放在东华门外护城河边，并搭起简易的灵棚，让前明文武官员去拜祭。

对于皇太子朱慈烺和定王朱慈炯、永王朱慈炤三人，李自成也没有加害，而是将朱慈烺封为“宋王”，朱慈炯封为“定安公”，朱慈炤封为“永平公”，妥为照顾。在皇太子兄弟和前明襄城伯李国桢的请求下，三月二十三，李自成下诏给崇祯帝夫妇更换上好的红漆棺木，以帝后之服饰重新装殓崇祯帝与周皇后。

大顺永昌元年、大明崇祯十七年（1644年）四月初四，崇祯帝夫妇的遗体被大顺政权命人运送至昌平皇陵区，葬入了崇祯帝先前去世的田贵妃位于天寿山西南、大红门左侧的鹿马山（锦屏山）南麓的陵墓中，这就是日后天寿山明十三陵中最后一座帝陵——思陵。

这个时候，大明中枢政权已经覆灭，大顺政权占据了北方及西北、中原等地，但南方的明朝剩余势力，依旧保有湖广、南直隶、江浙、闽越、云贵等地。

所以，当农民军攻陷北京、崇祯帝在煤山自缢的噩耗传到南方等地后，南京留守文武诸臣在痛哭流涕、给君父大举发丧之后，不约而同地认为国不可一日无君、大明皇统不能就此断绝。于是，留都诸臣立刻开始商议，拥立何人为新帝，以延续大明皇统、稳定南方人心。

当年，明太祖朱元璋建立大明王朝之初，曾经专门就皇室成员行为规范、皇统传承制度、宗室管理制度等等方面制定了详细的标准——即《皇明祖训》。其中，皇明祖训对帝位大统出现中断之后的情况，明确规定是“父死子继、兄终弟及、有嫡立嫡、无嫡立长”。

随着崇祯帝的自尽殉国、以及皇太子兄弟的“失陷”，大明皇统大宗全部断绝，没有了可以入继大统的继承人。明光宗泰昌帝的后裔，目前不是去世、就是被大顺政权控制，万万没有能够前往南京、承袭皇位的可能（明光宗七个皇子中，只有明熹宗天启帝、明思宗崇祯帝兄弟俩长大成人，其余的都夭折了。而天启帝三个皇子全部夭折，等于这一支也断绝了。崇祯帝七个皇子，也只有皇太子、永王、定王平安长大，但现在他们也全部被大顺政权掌控，没有机会能南下继承皇位）。

因此，在泰昌帝一系全部失去了继位可能的情况下，南方明朝官员们，只能再往上推，从泰昌帝的兄弟、明神宗万历帝的其他儿子及其后裔中，挑选符合《皇明祖训》中大统传承规定的人选，入继宗庙，延续皇统的传承。

万历帝的皇子中，只有皇太子朱常洛（即泰昌帝）、皇三子福王朱常洵、皇五子瑞王朱常浩、皇六子惠王朱常润、皇七子桂王朱常瀛长大成人，得以封爵。但此时福王朱常洵已经死于农民军攻克藩地洛阳的战争中，其三个儿子中，只有长子福世子朱由崧脱逃，后来承袭了福王封爵。在农民军征伐河南的威胁下，福王朱由崧已经逃离临时居住地怀庆府，向南方淮安府逃亡、暂居。

其他瑞王、惠王、桂王等三位万历帝皇子，目前倒是还在世，但在大顺政权向京师进军，消灭明朝中枢的军事行动中，瑞王、惠王、桂王等人为了避祸，都从各自的封国逃走，向南方逃亡避难。瑞王躲在重庆、惠王避走衡州、桂王远遁梧州。

按太祖朱元璋当年拟定的《皇明祖训》中“兄终弟及、父死子继，有嫡立嫡、无嫡立长”大统传承顺序原则，在泰昌帝、天启帝、崇祯帝这一系大宗已经全部断绝（崇祯帝虽有皇子在，但都失陷于北方，无法承袭大统）的情况下，大明皇统的第一继承人就当是万历帝第三子福忠王朱常洵之长子、现任福王朱由崧。

可是，目前掌握留都南京大部分权力的文臣，是以史可法、钱谦益、吕大器、高弘图为首的东林党人；而四十年前，因为“国本之争”（即万历帝和文臣东林党集团因为立储，彼此对抗、抵制十多年，最终迫使万历帝不得不立庶长子朱常洛为皇太子，而没能立爱子、第三子朱常洵之事），东林党前辈们和福忠王（即福王朱由崧之朱常洵）产生了不可调和的矛盾，也结下了化不开的怨望，一直心存芥蒂。

所以，此时掌握南京实权的东林后辈们害怕一旦由福王继位，将来新帝会重提旧事，对当年曾经压制、打击过其父的东林党人施以报复、甚至加罪，因此不愿意按照“兄终弟及”（其实是弟终兄及，福王比崇祯帝要大三岁）的祖训，拥立福王为新君，而是违心地提出所谓“立贤”之议，想甩开万历帝一系后裔，而拥立远支宗室——万历帝之弟潞简王朱翊镠的儿子、现任潞王朱常淓（泰昌帝和福忠王的堂弟）承袭皇位。

极具讽刺意味的是——东林党的前辈们当年正是坚决反对万历帝以“立贤”为名将福忠王朱常洵立为皇太子，所以借口“遵循祖训”、和皇帝对抗近二十年，最终才让万历帝立庶长子朱常洛为皇太子。而三十年后，东林党后辈们为了自身集团的利益、及党争的成败、权力的争夺，居然想堂而皇之地推翻东林前辈们当年所坚持的立场，重新拾起“立贤”这套说法，来完成实际上的“权力斗争”意图，不得不说东林党人的双标玩得溜溜的，政治节操掉了一地。

时任南京兵部尚书、掌握留都军权的东林党人书史可法节操稍高，觉得其他同僚这么做简直是将前辈们的脸、还有现在东林党人的脸打得啪啪响，将来还怎么能够凭借道德、法统的制高点去执掌朝政、教化庶民。因此，“拥潞”之议万万不可行。

但史可法毕竟也是东林党，对于己方的利益和权力怎么也要大力维护。所以，他一样不想立和东林党有着严重过节、恩怨的福王。在两难之下，史可法提出了第三种意见——福王和潞王都不立，而以万历帝此时在世的第七子、桂王朱常瀛为新帝，这样既延续了大宗帝统的传承，也避免了和东林党有旧怨的福王继位，各自都退一步。

但史可法一个人的意见，无法说服其他大部分人（无论党内同僚还是政敌）。在纷纷攘攘的争论中，南京城中官员们吵了一个月，也没确定新君的人选。

与此同时，占据北方京师的大顺政权在进攻据守山海关、拒不向大顺投降的明朝宁远团练总兵吴三桂时，被吴三桂暗中联合入关的清军，击败于一片石。惨败回京后的大顺军队迅速退出京师，向陕西撤退，清军则趁机入关，准备占领关内土地、就此入主中原。

在严峻的局面下，原本暂居淮安、且被留都东林党人所轻视、嫌弃，单凭“祖训”内容无法正常继位的福王朱由崧决定另辟蹊径、抢先下手，通过联络地方实力派，得到他们的支持，从而以武力夺取帝位。

福王秘密联络前总督京营太监、现任凤阳守备太监卢九德，并通过卢九德向江北三镇武将——徐州高杰、滁州黄得功、寿州刘良佐求援，许诺三镇武将假如支持自己夺取皇位、并得以成功的话，那么将来可以晋封三镇武将爵禄、许以封地，和自己一起共享荣华富贵。

三镇武将接到福王的求援信息后，经过相互商量，觉得这是一个天赐良机，福王本来就有合法继位权，正统性无可置疑，留都诸文臣也没有说得过去的理由来拒绝福王继位。因此，拥立福王南下继位，可以轻松立下“定策从龙、中兴元勋”的滔天功劳。

于是，高杰、黄得功、刘良佐不假思索地同意了福王的求援请求，纷纷回信向福王效忠，同时预备派出军队前往淮安，迎接福王南下南京，承袭皇位。

江北三镇在向福王表忠心时，都不约而同地将他们名义上的主帅——凤阳总督马士英抛到一边，根本没有和马士英商量。而福王主动接近武将、得到三镇武将效忠的消息传到南京之后，还在和史可法扯皮、争执的马士英在短暂思考后，立即做出了正确选择——以文臣的身份，第一个向福王表示支持和效忠，支持福王继位。马士英也是江南高级文官中，第一个投靠福王的人。

随即，马士英立即致信江北四镇中的最后一人：淮安守将刘泽清，命刘泽清即刻向福王投效输诚，并以地利的优势（福王就在刘泽清的地盘上），亲率大军护送福王从淮安赶到南京，以实现“定策从龙”的大功。

此时，南京各方势力还在讨价还价、没有确定到底是谁来继承大统。但福王拉拢江北四镇、凤阳总督、守备太监，准备以武力捍卫自己皇位继承权的消息很快就传到了南京，优势已经确立且不可逆转。

大势所趋之下，南京的东林党人再不甘心，也只好被动接受福王入继大统这个现实，向江北派出使者，迎接即将南下的福王（假如东林党人继续硬抗，那么福王继位后，这些人逃不过一个“把持朝堂、擅权乱政”的下场，跳得最高的那几个人搞不好还要到诏狱中走一趟，就像他们的老师、前辈杨涟、左光斗、魏大中一样）。

大明崇祯十七年、清顺治元年、顺永昌元年（1644年）四月二十六，在南京的文武官员、勋臣共同祭拜太庙，把迎立福王继位的结果向大明历代先帝汇报。四月二十七，在马士英、卢九德、黄得功、高杰、刘良佐、刘泽清等人的护送下，福王銮驾抵达仪征，并接受提前等候在仪征的南京礼部官员的参拜。

四月二十八，福王抵达浦口，南京守备、魏国公徐弘基等渡江迎接。.五月初一，福王渡过长江，先后拜谒太祖孝陵以及懿文太子陵，然后从朝阳门进入南京，至皇宫奉先殿拜谒历代先帝神主，之后以南京守备府为行宫暂住。五月初三，福王从大明门入皇宫，在重修一新的武英殿内举行了监国典礼。之前一天，北方京师，在降清的吴三桂引导下，清摄政王多尔衮率清军进入京师，正式开始了清朝入主中原的历史。.

大明崇祯十七年、清顺治元年、顺永昌元年（1644年）五月十五，监国福王朱由崧在南京正式即皇帝位，改明年为弘光元年，继续用“大明”为国号，这是南明时代的开始。朱由崧就是南明第一代皇帝——弘光帝。