从16世纪中期到17世纪晚期，东亚海面上先后活跃着倭寇、日本战国水师和郑家武装三只海上力量，这三家海上武装中都有大量的日本人，但战术却截然不同，谁要是把他们都当做是倭寇，那就纯粹是读书少。

首先传统倭寇的海上战术最差，在这三只海上力量中垫底。传统的日本土产倭寇海战能力就是一连串的悲剧，连玩海上碰碰船的资格都没有，传统倭寇的船只根本就没有海战能力。日本15、16世纪的传统船只非常“简约”，全船用木片拼装而成，只用铁片进行了简单连接，整艘船连铁钉都没有。它们最大的用处就是把手持倭刀的强盗送到中国沿海，到达中国后，不少倭寇甚至会主动抢夺中国船只。倭寇的船只没有没有装备舰载火炮，也没和和明军对撞的本钱，关于这一点明军门清，戚继光就要求明军船只遇到倭寇船只要乘风下压，“斗船力而不斗人力”，像“车碾螳螂”一样干掉对手。

在嘉靖年间，倭寇有了中国合作伙伴，那就是王直等人。王直是徽州人，本来没有丰富的船只资源，他能做大全靠会骗。王直靠着浙江军方的帮忙干掉了竞争对手卢七、沈九，并分到了福建援助浙江的40多艘福船中的一半，一下子鸟枪换炮成了东南沿海最大的走私势力。王直等倭寇和日本九州等地的大名合作，带着纯正的倭寇抢劫中国沿海，是明军头疼的敌人。

因为嘉靖年间的日本传统倭寇装备主要远战装备是“长弓重矢，抵近而发”，在射程上并不对明军标枪和火枪构成优势，在穿透力上更是远远不如。嘉靖年间的中国倭寇装备则要好得多，他们甚至装备了葡萄牙进口的发熕火炮和火绳枪。一直到17世纪初，日本的中国倭寇都和本土品牌泾渭分明，丰臣秀吉和德川家康等人为了讨好明朝还专门斩杀过王直的余党。

日本战国水师的战斗力要强于传统的日本倭寇，但明显低于中国水师。日本战国水师的主要作战武器是火绳枪，在船只上密布鸟铳手，作战时用轮番射击法攻击朝鲜水军。朝鲜方面的李舜臣则发明了龟船，龟船最大限度地削弱了日军水师攻击力，在战前龟船会发射大量烟雾，阻碍日军视线；在战斗中因为龟船防御力高，可以阻挡日军的弹丸攻击，贴身近战时日军往往损失惨重，用日军的总结就是朝鲜“战船大而行速，楼牌坚厚，铳丸俱不能入”。

和倭寇和日本战国水师比起来，郑芝龙郑成功父子的水战能力明显要高得多。郑家水师采用的战术是混战战术，同荷兰人处在一个水平线上（但低于同时期英军的线列战术）。郑家水师作战顺序是：作战时先抢占上风位置，以船头指向敌人，以船头火炮为第一火力点；然后用背风的舷侧炮攻击；最后才施放船尾火炮；完成上述步骤后，才施放另一侧火炮。郑家水师还非常善于进行接舷战混战和火攻作战，能和荷兰东印度公司的船队打得有来有回。

在郑家最强盛时期，水师战舰在3000艘以上，仅仅在攻打南京战役时，就在焦山停靠了2300艘战船，把王直甩出了整个南京城，也超过了日本战国水师。郑家水师总吨位接近9.2万吨，同时期的英国海军总吨位也不过是9万吨，荷兰海军总吨位是6.4万吨。

郑家水师的吨位、火力都远远超过了倭寇和日本战国水师，它手下是有不少日本人，但日本人真的只是打工的，说郑家是倭寇才纯粹是读书少。