菲律宾自古就是华人移居的重要地域。明朝郑和下西洋后，菲律宾的吕宋、苏禄等国摄于明朝军威，开始逐渐同明朝保持朝贡贸易。

随着海禁政策的部分开放，大批华人也移居菲律宾等地，成为较早的海外移民群体。当时刚刚殖民菲律宾的西班牙对商品和人口极为渴求，华侨的增多不可避免地引发了本就存在的利益矛盾，进而也令明王朝与西班牙产生碰撞。

殖民者肆意屠杀旅菲华侨

1565年，西班牙海军入侵菲律宾，攻占宿务岛。1571年，西班牙殖民者侵占吕宋岛，建立马尼拉城。

殖民统治之初，西班牙殖民者对海外华人极尽优待，因为菲律宾当时的经济贸易还要仰仗华人的斡旋周转。可随着华人影响力的骤增，西班牙殖民者发现华人已对其统治产生威胁，遂开始打压旅菲华侨的商业贸易。

马尼拉当局担心明廷报复

这次冲突发生后，马尼拉当局掀起排华浪潮。在这一背景下，明朝政府派遣官员载着士兵和武器抵达马尼拉，接回3000名华人。随着“菲律宾生有黄金”传言的盛行，明朝万历皇帝派官员进行勘察。这一举措彻底触动了马尼拉当局的敏感神经，他们认为明朝政府会强占菲律宾，以达到开疆拓土的目的。

鉴于上述推断，马尼拉当局的排华情绪愈加剧烈，西班牙殖民者甚至想要悉数屠杀旅菲华侨。1603年10月3日，华侨决定抢先动手发动起义，但由于武器装备的匮乏，起义军仅仅坚持了41天，就被西班牙殖民者镇压。在西班牙殖民者的蛊惑下，当地土著、日侨也参与到屠杀浪潮中，造成至少两万余名华侨被害。

马尼拉当局担心明廷报复

屠杀发生后，马尼拉当局担心明朝政府会进行报复，于是加紧整军备战，但由于缺乏口粮，士兵的士气依然低落。面对绝境，殖民者只能悲观等待，整个马尼拉城笼罩着绝望气氛。

马尼拉总督阿库尼亚一面派人打听明廷动向，一面做表面工作，归还华侨财产。1603年12月10日，阿库尼亚派特使奎瓦前往澳门，趁机刺探明廷军事情报。同时，考虑到葡萄牙人与明朝关系良好，阿库尼亚请求葡萄牙人转交信件，陈述事件内情。

奎瓦一行抵达澳门后，虽获得澳门当局接待，但出于打击贸易对手的目的，澳门方面并未转交信件。

明王朝做出荒唐决定

明朝不出兵其实也有现实条件的限制。在屠杀发生之际，大明王朝进行了三次大规模的战争，尽管战果满满，但国家的财政几乎被耗空。因此，出兵马尼拉其实也无能为力。

直到1605年5月，西班牙人望眼欲穿的中国兵船仍未到来，但澳门方面却传来消息，中国人已经集结一支兵船，准备前往马尼拉兴师问罪，一时间又让西班牙殖民者恐惧不已。

随后不久，郑成功突然病逝，郑氏集团进而陷入内乱之中，再也无力出兵报复。郑经上位后，曾准备于1670年和1671年征讨马尼拉，但迫于清廷的军事压力，终究未能成行。

明朝不出兵其实也有现实条件的限制。在屠杀发生之际，大明王朝进行了三次大规模的战争，尽管战果满满，但国家的财政几乎被耗空。因此，出兵马尼拉其实也无能为力。

郑氏父子欲兴兵报复

明朝的纵容使得殖民者对华侨的欺压更加有恃无恐。1639年，旅菲华侨再次发动起义，这次屠杀让西班牙殖民者杀红了眼，据记载，无数华侨平民死于屠杀。

得知华侨惨境后，郑成功致信马尼拉当局，要求其立即停止迫害行为。1662年，郑成功收复台湾后，命令马尼拉总督改邪归正，但西班牙殖民者并未理会。

面对郑成功的严正警告，西班牙人反而进行了第三次集体大屠杀。郑成功闻讯后大怒，决定出兵马尼拉。一时间马尼拉当局再次陷入风声鹤唳，人人自危的境地。

随后不久，郑成功突然病逝，郑氏集团进而陷入内乱之中，再也无力出兵报复。郑经上位后，曾准备于1670年和1671年征讨马尼拉，但迫于清廷的军事压力，终究未能成行。

定出兵马尼拉。一时间马尼拉当局再次陷入风声鹤唳，人人自危的境地。

随后不久，郑成功突然病逝，郑氏集团进而陷入内乱之中，再也无力出兵报复。郑经上位后，曾准备于1670年和1671年征讨马尼拉，但迫于清廷的军事压力，终究未能成行。

70年和1671年征讨马尼拉，但迫于清廷的军事压力，终究未能成行。